Ich habe zwar mehrere Depots bei der comdirect, allerdings ist darunter kein Zweitdepot. Insofern fehlen mir die praktischen Erfahrungen und ich kann nur das wiedergeben was comdirect selber schreibt (zu finden im persönlichen Bereich unter Depot > ZweitDepot):
Die administrative Verknüpfung scheint demnach ebenso zu funktionieren wie bei separaten Zugängen oder Vollmachten: Du loggst Dich einmal ein und kannst dann zwischenden Konten hin und herspringen. Sollte es auch getrennte PostBoxen geben (so hört sich das für mich an) dann wirst Du aber dank PSD2 wahrscheinlich beim Zugriff jeweils separat eine TAN eingeben müssen. Lästig, aber bei reinen Sparplan-Depots aufgrund relativ seltener Zugriffe verkraftbar.
Persönlich mag ich es wenn die Dinge getrennt sind. Irgendwie spielt mein Hirn leichter mit wenn ich eigenständige Themen in jeweils eigene Schubladen packe. Andere finden es besser wenn alles auf einem Haufen liegt und somit alles auf einen Blick vor einem liegt. Geschmackssache.
Zum Übertrag:
Eigentlich solte es keinen Unterschied machen. Ich bilde mir zwar ein es gäbe bestimmte Informationen die nur übertragen werden können wenn das gesamte Depot übertragen wird, ich mag mich aber täuschen.
Ein Punkt wäre sicher einfacher: Im Formular anzukreuzen das das gesamte Depot übertragen werden soll ist ist einfacher und weniger fehleranfällig als Positionen und Stückzahlen einzeln aufführen zu müssen.
Vielleicht kann @SMTcomdirect meine Wissenslücken ja noch etwas füllen.
Yippie Yippie Yeah, @t.w. und ich sind endlich mal unterschiedlicher Meinung 
Falls ich die Hoffnung geweckt haben sollte, dass das Zweitdepot die Sache auf eine neue Ebene hebt – das tut es natürlich nicht.
Der Mehraufwand ist aber praktisch Null: Du richtest für beide Verrechnungskonten einmal je einen Dauerauftrag ein, das war's. Der Rest läuft auf Autopilot und ist mit der Variante eines gemeinsamen Depots identisch.
Du hast aber eine saubere Trennung und kannst in beiden Depots frei wirken, auch können identische Papiere gekauft werden.
Mir wäre es das wert, man darf das aber natürlich auch anders sehen.
@GetBetter schrieb:Yippie Yippie Yeah, @t.w. und ich sind endlich mal unterschiedlicher Meinung
Das ist ja auch wichtig, sonst zweifeln die Leute irgendwann an der Existenz von zwei Menschen und unterstellen, dass Gettw oder twBetter eigentlich ein und die selbe Person mit zwei Accounts ist 
Wie @SMT_Jan-Ove und @t.w. schon geschrieben haben werden alle wichtigen Informationen zukünftig mitübertragen werden können.
Der Unterschied bei der Beauftragung des Übertrags ist, dass Du im Falle eines Zweitdepots einfach angibst "alles übertragen". Falls alles in einem Depot liegt musst Du dagegen explizit die zu übertragenden WKNs und Anteile angeben.
Nachtrag So sieht das ganze im Formular aus:
